日前，云南和新疆地区分别有风力发电企业反映，他们还未从电网公司拿到2012年度的国家新能源补贴，而补贴的方式是以应得金额除以1.17，然后以所得金额开收据。四川电力公司(国家电网下属单位)的做法是将补贴全额支付给新能源企业，并让新能源发电企业开具发票。
不同的电网公司之间、同一家电网公司不同省级公司之间，在对国家新能源发展基金补贴的结算方式上有着不同的方式。
2006年可再生能源电价附加资金制度，征收标准为1厘钱/千瓦时，后来逐步提高，今年征收标准从8厘钱/千瓦时上调到1.5分/千瓦时。2009年审议通过的可再生能源法修正案草案，可再生能源电价附加并入国家可再生能源发展基金，。
《可再生能源发展基金征收使用管理暂行办法》颁布实施后，电价附加的征收方式由原来电网企业的代收代管，改为由财政部定期向电网征收后上缴国库。新能源企业所获得的补贴被认为是中央财政补贴。而在此之前，可再生能源补贴被认为是新能源发电企业的应缴纳增值税的收入。
税务总局《关于中央财政补贴增值税有关问题的公告》(国家税务总局【2013】第3号公告)称，“按照现行增值税政策，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税。本公告自2013年2月1日起施行。此前已发生未处理的，按本公告规定执行。”
纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入其实《中华人民共和国增值税暂行条例》已经做出规定，国家税务总局为什么又要在2013年重申呢？
国家税务总局办公厅解释，近年来，为促进可再生能源的开发利用，支持新能源及高效节能等产品的推广使用，国家出台了多项中央财政补贴。对于中央财政补贴是否属于应税收入，是否征收增值税问题，基层税务机关存在争议，因此报来请示，请求我局予以明确。
国家税务总局办公厅认为，为便于补贴发放部门实际操作，中央财政补贴有的直接支付给予销售方，有的先补给购买方，再由购买方转付给销售方。无论采取何种方式，购买者实际支付的购买价格，均为原价格扣减中央财政补贴后的金额。根据现行增值税暂行条例规定，销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用。纳税人取得的中央财政补贴，其取得渠道是中央财政，因此不属于增值税应税收入，不征收增值税。
《新疆国税局关于中央财政补贴免征增值税有关问题的通知》称，要重点关注可再生能源发电企业(风力发电、光伏发电、生物质发电企业)的政策执行情况，保证国家税务总局【2013】第3号公告落实到位。
该通知称，《中华人民共和国增值税暂行条例》规定，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税，也不得开具增值税专用发票。
但记者了解到，大多数省份未像新疆国税局一样就国家税务总局【2013】第3号公告下发通知，明确中央财政补贴免增值税，发电企业为免税对象。而发通知明确了这两点的新疆地区，政策也没有得到有效落实。按照金风科技“目前正在跟各地的电网公司和国税部门沟通，落实中央财政补贴资金免征增值税的政策。”的说法，政策落实情况并不理想。
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