在分布式光伏发电的推广发展中，“增值税发票”是个无可回避的问题。
2013年9月29日，财政部网站发出通知，为鼓励利用太阳能发电，促进相关产业健康发展，根据国务院批示精神，自2013年10月1日至2015年12月31日，对纳税人销售自产的利用太阳能生产的电力产品，实行增值税即征即退50%的政策。
增值税是以商品(含应税劳务)在流转过程中产生的增值额作为计税依据而征收的一种流转税。从计税原理上说，增值税是对商品生产、流通、劳务服务中多个环节的新增价值或商品的附加值征收的一种流转税。光伏电站实行即征即退50%的增值税优惠，相当于上网电价增加0.02-0.04元/度，电站收益率将上升1%-2%，将直接利好光伏电站运营企业。
虽是利好政策，但在实施环节却存在一些争议。
争议一：个人无法开卖电发票。当前，自然人投资分布式光伏发电项目还不能进行工商登记注册，也就不具备开具增值税发票的资质。而拿不到增值税发票，就很难拿到电费收入。
争议二：是否需要扣除光伏补贴增值税。有业者称国网在转付给其光伏发电系统的光伏补贴时，扣除了17%的增值税，原每度电补贴0.42元，扣17%增值税后，每度电补贴0.359元。
针对个人无法开卖电发票问题，国网北京公司的统一解决方案是一律按照不含税价(扣除增值税17%)计算，即上网电费按0.3305元/度(北京市脱硫煤电价0.3867元/度《含税》)，光伏度电补贴0.359元/度(国家规定度电补贴是0.42元/度《含税》)。这样的处理减少了业主的麻烦，不必去国税局代开售电发票。
但是，增值税率应该扣多少，是否应按17%扣除？以下是颁发的政策当中有迹可循的条例：
1、依据国家税务总局13年发布的《关于中央财政补贴增值税有关问题的公告》［2013第3号文件］：纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税。度电补贴属于中央财政补贴，不应收取增值税。所以0.42元的光伏补贴不应该扣税。
2、依据财政部13年发布财税［2013］66号文件，2013年10月1日起实施光伏发电增值税即征即退50%政策，所以光伏上传电费不应该按17%扣税，而是只能扣8.5%(一半)。
3、依据国家税务总局发布的《关于暂免征收部分小微企业增值税和营业税政策有关问题的公告》［2013第49号文件］，“月销售额不超过2万元”、“月营业额不超过2万元”，指月销售额或营业额在2万元以下(含2万元)，暂免征收增值税或营业税。
按照《关于发挥价格杠杆作用促进光伏产业健康发展的通知》，“对分布式光伏发电实行按照全电量补贴的政策，电价补贴标准为每千瓦时0.42元(含税)，通过可再生能源发展基金予以支付，由电网企业转付”，这里“每千瓦时0.42元(含税)”意指0.42是含税价，财政部在划拨补贴给电网时，要求电网缴纳了增值税。
财政部13年发布的财税［2013］66号文件中，光伏发电增值税即征即退50%政策的实施时间为2013年10月1日至2015年12月31日，为何实施时间只有1年多？业内一些专家认为：目前，财政部等有关部门拟对新能源行业财税政策进行整合梳理，新的财税扶持政策正在酝酿中。
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